Okabe Rintarou  é um autoproclamado cientista insanamente louco e o mais procurado por uma “Organização Secreta” que todos acham que existe apenas em sua cabeça. Ele é o criador do grupo Gadget do Futuro que tem como objetivo a revolução das estruturas que dominam o mundo, criando invenções que tragam o caos. O grupo possui apenas mais dois membros: Shiina Mayuri, uma garota avoada e membro solitária do laboratórioe o super hacker Hashida Itaru, ou Daru, melhor amigo do protagonista. A história começa com Kyouma e Mayuri indo para uma conferência sobre uma possível teoria para uma máquina do tempo funcional criada pelo Professor Nakabachi. Após alguns acontecimentos, ele ouve um grito, resolve ver o que aconteceu e encontra o corpo esfaqueado de Makise Kurisu, uma garota que ele tinha conversado pouco tempo antes dela ser morta. No caminho de volta para o laboratório do grupo, ele resolve mandar uma mensagem de texto para Daru, informando sobre o acontecimento e ao confirmar o envio acontece algo inesperado que talvez tenha a ver com a única invenção de Kyouma: o Telefone Micro-ondas.