Bloody Honey é dividido em histórias aleatórias, mas que acabam se conectando em um mesmo ponto: os protagonistas. Yuki Akabane e Osamu Mayuzumi como personagens primários e os secundários Kiri Kurosu e Tarou Yamada.

A história tenta pegar o gancho em uma família que possui uma linhagem vampiresca, e que um dos descendentes da família, o “vampiro” Yuki, se alimenta do sangue retirado em seringas de seus pacientes no hospital em que ele trabalha como enfermeiro, uma vez que ele não possui o mesmo instinto assassino de seus antepassados. Um dia, Yuki acaba provando o sangue de um de seus pacientes mais assíduos, o professor de cursinho Mayuzumi, e automaticamente se “encanta” pelo sangue do rapaz. Então, Yuki começa a planejar uma forma de ter sempre tal do professor por perto para poder se alimentar.