Mashiro é sobrinho de um falecido desenhista que só conseguiu ter uma única obra de sucesso em toda sua vida. Herdando o talento do tio para o desenho, ele passava os dias no marasmo, sempre rabiscando em seus cadernos a imagem de Miho Azuki, a colega de classe por quem é apaixonado. Um dia, Mashiro esquece um dos desenhos na sala de aula, e quem o encontra é Akito Takagi, o melhor aluno da turma. O sonho de Takagi é se tornar um roteirista de mangá; por isso, ele “ameaça” contar o segredo de Mashiro para Azuki, caso o garoto não faça as ilustrações para suas histórias.

Mesmo sem muita empolgação com a ideia no começo, Mashiro acaba aceitando quando descobre que o sonho de Azuki é se tornar uma dubladora. Ele, então, faz uma promessa à menina: irá criar um mangá de sucesso, para que vire um desenho animado e seja dublado por Azuki. Mas, antes desse sonho se concretizar, os dois não poderão se encontrar!

Apesar da história de amor entre Mashiro e Azuki como pano de fundo, Bakuman é focado no mundo da criação de mangás, desde a idealização de um roteiro, criação de personagens, até o processo editorial, os prazos de entrega, e diversas curiosidades sobre o mercado de HQs no Japão, sempre fazendo inúmeras referências aos quadrinhos e autores reais. Aliado ao traço habilidoso de Obata, e ao roteiro muito bem construído de Ohba, a série não se limita apenas aos bastidores da criação de mangás, mas também mostra o amadurecimento dos protagonistas, seus sonhos e suas frustrações.