A série se passa em Terra II, um planeta distante da Terra. Trezentos anos antes do início da história, o navio colônia humana Mesopotâmia sofreu uma grande catástrofe, que matou quase todos a bordo. Seis homens fugiram usando um pod de emergência e conseguiram pousar na superfície do planeta. Sem meios para retornar ou contatar a Terra, eles decidiram colonizar o planeta usando clones de si mesmos. Seis nações são criadas, cada uma governada por seis clones diretos dos colonos originais, enquanto as nações em si são povoadas por clones geneticamente modificados.

No entanto o seu equipamento não foi capaz de produzir clones do sexo feminino a partir de material genético masculino, o que resultou em uma população totalmente masculina. Para substituir as mulheres, os habitantes de Terra II, criaram marionetes, robôs que se assemelham fisicamente ao sexo feminino e preencheram o seu papel na sociedade, na sua maioria como acompanhantes para os homens. No entanto, eles são completamente desprovidos de personalidade e comportamento consciente, assim, na sua maioria são consideradas como objetos e símbolos de status. Marionetes são usadas também como objetivo geral de robôs, tendo como tarefas trabalho pesado e combate.

O personagem principal da história é Mamiya Otaru, um menino normal do país de Japoness cuja vida é alterada, encontrando Cal (e, eventualmente, Cherry e Bloodberry). As três são radicalmente diferentes das marionetes regulares porque atuam em sua própria vontade e parecem ter suas próprias personalidades completas. As três também se apaixonam completamente por Otaru e constantemente competem por seu carinho, dando algum problema para o menino que não sabe realmente o que fazer com três marionetes de modo incomum.