“Ed e Al visitam Xenotime, uma cidade que já foi famosa pelas suas minas de ouro, para buscar pistas sobre a Pedra Filosofa. No entanto, ao chegar lá, eles descobrem que há duas pessoas dizendo ser os irmãos Elric e estes parecem estar realizando certa pesquisa no local… Além disso, há também um extra de uma história curta, “O mistério do 13° armazém”, com o pessoal do Quartel-General do Leste entrando em ação (?)!”

Ainda crianças, Edward e Alphonse Elric perderam sua mãe. Os irmãos, então, decidem usar seus conhecidos para tentar quebrar o maior tabu da Alquimia: a transmutação humana. Mas a tentativa dá errado. Ed perde seu braço direito e sua perna esquerda. Já Al perde seu corpo por inteiro e só não desaparece de vez por que seu irmão conseguiu fixar sua alma em uma armadura de metal. É a lei máxima da Alquimia, a “Lei da Troca Equivalente”.

Assim começa a saga dos irmãos Elric. Agora usando automails, próteses mecânicas implantadas no lugar dos membros perdidos, Ed parte ao lado de Al em busca da lendária Pedra Filosofal, a qual, reza a lenda, amplia os poderes de um Alquimista.

O objetivo da dupla de irmãos é exatamente usar a Pedra Filosofal para recuperar os seus corpos. Porém, eles não são os únicos intessados no lendário artefato. Os homúnculos, misteriosos seres que parecem seres humanos, também estão atrás da pedra.

Para facilitar a sua busca, Ed entra para o exército e passa a ser conhecido pela alcunha de o Alquimista de Aço. A partir daí os irmãos Elric fazem uma viagem supreendente, cheia de reviravoltas. Eles ainda cruzam o caminho de Scar, um sujeito de poderes misteriosos que busca se vingar de todos os Alquimistas Federais que encontra pela frente.