Após descobrir o quanto seu irmão o amava, Sasuke decide seguir o próprio caminho.
Ele parte então em busca da bijuu unindo suas forças com os Akatsuki que estão atrás do mesmo objetivo. Enquanto isso, Naruto não pode aceitar a notícia do falecimento de seu mestre…

Jiraiya se infiltrou na Vila Oculta da Chuva e agora é caçado por Konan e Pain, o grande comandante da Akatsuki. Mas parece que Jiraya conhece muito bem o misterioso Pain. Qual será a relação entre eles e, afinal, qual é o assustador poder do líder da Akatsuki?

Num mundo diferente deste os ninjas são o principal recurso de justiça – e na vila de Konohagakure vive o ninja mais talentoso daquele mundo. Há 12 anos Konohagakure foi atacada pelo terrível espírito de uma raposa de nove caudas que ceifou a vida do detentor do mais alto nível ninja da aldeia, o nível Hokage. Após a vitória sobre o monstro raposa, a paz retornou à aldeia e o pequeno e atazanado órfão Naruto Uzumaki se esforça para passar nos exames da Academia Ninja. Pretensioso, ele pretende ser o próximo Hokage, mas não conta com a ambição de outros jovens ninjas colega de classe nem com o mistério que esconde seu passado.