Gon Freaks é um garoto que vive na Ilha da Baleia junto com sua tia Mito. Um dia, enquanto caminha pela floresta, ele é atacado por um terrível urso-raposa, mas é salvo por um estranho que diz ser um Hunter, uma espécie de aventureiro que passa a vida em busca de tesouros e artefatos raros.

Gon e Killua conseguem escapar do esconderijo do Gen-ei-Ryodan, e decidem procurar Kurapaika para unir forças e pegar o bando da aranha. O quarteto de amigos finalmente está reunido de novo. Enquanto isso, a filha do poderoso Light Nostrad foge para o leilão, contrariando as ordens de seu pai. Sem seus guarda-costas, a garota médium torna-se um alvo fácil para qualquer inimigo que esteja à espreita. Mas como ela pretende participar sem o cartão de acesso? Nessa mesma noite, o bando da aranha começa a armar uma grande bagunça a mando de seu líder, com intenção de sabotar o evento no edifício Semitary. Alguém muito forte está dentro do prédio. Qual será a ligação entre o Gen-ei-Ryodan e o misterioso distrito do cometa – onde é permitido descartar qualquer coisa?