A série mostra um Japão num universo alternativo onde as influências externas nunca o atingiram e a DinastiaTokugama ainda está no poder. Passa-se num dojô ao pé do monte fuji cujo Muneakira Yagyu foi convidado a tomar conta. Ao chegar lá, se depara com Sanada Yukimura e sua subordinada Matabei Goto. As duas se dizem rebelde ao conselho estudantil, comandado por Sen Tokugawa, filha mais velha do Xogum. Ambas estão lá para espionagem e são descobertas por Sen. Muneakira, Matabei e Sanada fogem pelo subterrâneo e lá despertam Jubei Yagyu, uma mestre-samurai. Após uma trégua entre Os rebeldes e Sen, todos se unem para combater uma entidade maligna que ameaça recobrir o Japão.