A história se passa em um mundo onde a tecnologia alcançou altos níveis de sofisticação, sobretudo na área de brinquedos, a ponto de produzir a mais nova mania entre a garotada, o jogo de batalhas chamado Angelic Layer. A personagem principal é Misaki Suzuhara, uma estudante que chega do interior para estudar em Tóquio. Na capital, ela fica alucinada com os Anjos, bonecos usados na batalha Angelic Layer. O brinquedo é vendido dentro de um ovo, o Angel Egg, e seu operador, chamado de Deus, é o responsável pela sua montagem ? inclusive escolhendo sexo, habilidades, roupas e tudo mais do seu boneco. Com o auxílio do misterioso Itchan, Misakiti, como é chamada carinhosamente pelos seus novos amigos, constrói o seu próprio Anjo. Ela passa a chamá-lo de Lucy, em homenagem a um mangá que ela havia lido e adorado porque a protagonista era baixinha e corajosa como ela. É uma homenagem direta dos criadores à Lucy, uma das protagonistas de Guerreriras Mágicas de Rayearth. Ao lado da mais uma vez poderosa Lucy, Misaki está pronta para tomar parte dos Campeonatos de Angelic Layer. Juntas, elas testarão todas as suas habilidades e enfrentarão Anjos com poderes incríveis.