Teppei Takamiya, um jovem capataz de uma fazenda localizada na ilha Kamui, ao norte do Japão. Seu irmão mais velho, Katarou Takamiya, deixou o Japão para estudar robótica na Alemanha e se tornou um dos mais importantes cientistas do mundo.

Cinco anos mais tarde, os dois irmãos se reúnem em uma feira de robótica em Mechatopia, na China, onde Kotarou anuncia ao mundo sua maior e mais impressionante descoberta na área de inteligência artificial. Durante a convensão Kotarou se torna refém do impiedoso império máquina(império das maquinas), e é levado para “A Área”, a base secreta do império máquina, que se oculta nas tempestades de areia do inóspito deserto de Gobi.

Intrigado com o misterioso “Punho Sagrado”, e procurando entender seu significado e buscado resgatar seu irmão sequestrado, Teppei decide caçar os sequestradores de seu irmão, mas se depara com maquinas que nunca antes ele tinha visto. Mais tarde, ele descobriria que aquela maquina era um B’t. Então Teppei se vê perseguido pelos B’ts do império das máquinas. Acaba ferido e sangrando.

Enquanto isso, dentro da fortaleza secreta do império máquina, Kotarou descobre que foi levado pela Major Aramis, um dos soldados do império máquina, que visa adquiri conhecimentos para impedir a evolução do B’t mais poderoso do império.