Esta começa em 1986, e acompanha Kenzou Tenma, um excelente neurocirurgião japonês que trabalha no Hospital Memorial Eisler de Dusseldorf. Tenma é o melhor cirurgião do hospital, motivo de ser sempre chamado para realizar operações em pessoas importantes. O seu futuro parece radiante: é um dos favoritos do director do hospital, respeitado por todos os colegas, tem prometida uma promoção, namora com a filha do director (Eva Heinemann) e é adorado pelos pacientes a quem salvou a vida.

A mudança na vida de Tenma começa quando uma mulher turca o agride porque o seu marido não foi operado por ele e veio a falecer. Tal aconteceu porque a política do hospital decretou que Tenma deveria operar outro paciente, considerado uma personalidade de destaque. È então que Tenma se começa a aperceber de que o hospital onde trabalha privilegia os pacientes com maior relevância pública ou posses económicas. Isto é algo com que discorda e que o revolta, pois, para ele, todas as vidas humanas são iguais.

Certa noite, chegam ao hospital dois irmãos gémeos em estado grave, Johan Liebert, um garoto com uma bala na cabeça, e sua irmã Anna Liebert. As crianças eram os únicos sobreviventes de um massacre que tinha vitimado os pais. Quando Tenma está para começar a cirurgia de Johan, o prefeito da cidade aparece no hospital, beirando a morte. Os superiores de Tenma dão-lhe ordens para deixar o menino e começar a operar o político, mas a sua ética pessoal, contrariando a ética do hospital, o obriga a continuar com Johan, que acaba sobrevivendo, e a deixar o político para outro médico, que por infortúnio não conclui a cirurgia com êxito.

Esta sucessão de eventos destrói a vida de Tenma, embora o médico tenha agido de acordo com os seus valores. De imediato, perde a promoção prometida ao posto de direção na área de neurocirurgia e os superiores declaram-lhe que a sua progressão na carreira terminou. É afastado dos gémeos, seus pacientes. A sua namorada termina a relação logo que ele perde o apoio do diretor geral. E tanto o director do hospital como a sua ex-namorada insistem na ideia de que a vida das pessoas não é igual, existem seres humanos mais importantes do que outros. Esta é uma teoria com que Tenma não concorda de todo, e sente-se injustiçado por ter perdido todo o seu promissor futuro por causa de pessoas que a defendem.

Uns dias depois, os gémmeos, que até então tinham revelado um comportamento misterioso, desaparecem. E, na mesma altura, morrem alguns médicos que tinham se beneficiado com a decadência de Tenma, entre os quais o pai de Eva, diretor do hospital. A situação dramática leva ao início de uma investigação conjunta da polícia e do BKA, representado pelo Inspector Runge. Tenma é, aparentemente, quem mais lucra com as mortes, pois iria automaticamente receber de volta o seu cargo alto. Torna-se assim o principal suspeito dos crimes, tanto para a polícia como para todos que trabalham no hospital, mas, não havendo nenhuma prova contra ele, o caso é esquecido.

Nesta altura, a série avança nove anos. Tenma é chefe de cirurgia no Eisler Memorial Hospital e, embora viva para trabalhar, sente-se feliz e realizado. Um dia, um criminoso procurado por pequenos furtos e relacionado com o homícidio em série de casais na Alemanha chega ao hospital após ter sido atropelado. Tenma é o médico que o opera, e por isso revê o Inspector Runge, que está a investigar o caso. No decurso da recuperação, o paciente confessa ao Doutor Tenma estar envolvido nos casos de que é acusado, e muito arrependido pelo que fez. Murmura constantemente a palavra “Monstro”, sem explicar porquê. Simpatizando com o homem, Tenma decide trazer-lhe um presente numa certa noite, mas depara-se com o polícia que o vigiava assassinado e a cama vazia. Devido à semelhança com o caso dos gémeos nove anos antes, Tenma corre atrás do seu paciente até um edíficio abandonado. E é então que para além do criminoso reencontra Johan, o gémeo que operou no passado…

Tenma incide em um encontro inesperado com Johan, que lhe diz ter assassinado aqueles médicos como forma de agradecimento por salvar sua vida. Sempre apático e de tremenda inteligência discursiva, revela-lhe ser um maníaco sutil e que aqueles assassinatos não pesam em sua cabeça. Tenma, já bastante transtornado desde há muito, abate-se mais com essa notícia e passa a carregar a culpa tremenda que Johan desconsidera.

Eva guarda uma prova crucial de que não foi Tenma o assassino, mas também sabe como incriminá-lo. Sua luxúria não deixava transparecer que gostava de Tenma mesmo após deposto, por isso o deixou. A soberbia é imensa, não sabe ser sincera. Agindo assim, nunca conseguiria fazê-lo entender que não é uma mera interesseira; ou melhor, nem tentaria fazê-lo saber esse tipo de coisa. Depois que Tenma torna a ser diretor de neurocirurgia, ela o pressiona constantemente para reatar o relacionamento amoroso. Bastante esclarecido, Tenma resolve não mais se relacionar com pessoas sovinas. Magoada e naturalmente vingativa, Eva resolve incriminá-lo pelos famosos homicídios no hospital e relata umas coisas à polícia. O cirurgião deixa de ser visto como mero suspeito e é tido como criminoso responsável por delitos hediondos.

É prisão ou fuga. Tenma escolhe fugir e resolve encontrar o monstro que ressuscitara, a fim de provar sua inocência, e para resolver os conflitos subjetivos que se formam em sua cabeça por causa da situação tão complicada e absurda a que chega sua vida. Foragido, será perseguido pelo Detetive Lunge, um cara extravagante e demasiado racional que memoriza as coisas por meio de gestos com os dedos. Obcecado pelo caso, já desconfiava bastante de Tenma desde que os assassinatos no hospital eram novidade, mas sempre segue pistas; nunca presume nada como outros o fazem.

A maior parte da história se passa a seguir, enquanto Tenma está foragido. Em sua jornada fugitiva e em procura do volúvel paradeiro de Johan, Tenma conhece indivíduosfantásticos (nas conotações mais clássicas da expressão) e descobre que o buraco é mais em baixo – chega mesmo aos confins mais proibidos no que se refere à história da Alemanha, eventualmente encontrando-se até com um psicólogo que, na segunda guerra, trabalhava com condicionamento de pessoas, desde a nascença delas, a fim de não terem identidade, se tornarem moralmente imunes a tudo, terem total autocontrole de seus valores.