Homunculus conta a estranha história de um jovem de 34 anos, Susumu Nakoshi, um desempregado, sem casa e sem família, que habita num pequeno carro e convive diariamente com mendigos, com os quais conversa e joga às cartas.

Certo dia Susumu Nakoshi é interpelado por um jovem médico, Manabu Ito, que lhe faz uma proposta: propõe-lhe que se submeta a uma cirurgia, com o intuito de desenvolver a Nakoshi capacidades paranormais, em troca, ele recebe a aliciante quantia de 700 ienes. Nakoshi recusa-se, todavia ocorre um problema com o seu carro e a proposta do jovem médico passa a ser demasiado apelativa para ser recusada. Nakoshi submetesse então à perigosa cirurgia, cirurgia esta que lhe traz poderes ocultos que nunca acreditou poderem existir…