Fuu, uma jovem de 15 anos, quer encontrar “o samurai com cheiro de girassól” e tudo o que sabe a respeito dele, além disso, é que ele habita a outra extremidade do Japão e, no seu caminho, cruza com Mugen, um vagabundo de 20 anos, e Jin, um rônin de 20 anos, que deverão segui-la devido a uma aposta estupidamente perdida.
O mangá se passa na Era Tokugawa, quando os estrangeiros eram proibidos de pôr o pé sobre o solo japonês; quando a religião cristã era proibida e que todos que praticavam esta religião ocidental eram perseguidos e mortos. E sobretudo, é a época onde a idade de ouro dos samurai apaga-se pouco a pouco, onde as antigas famílias respeitáveis tornam-se elevados funcionários e abandonam a espada em proveito da caneta e a política.
É nesta época de mudanças radicais no Japão que os três atravessam o País do sol nascente. Mugen e Jin fazem partidos da última geração de homens de sabre mas não espere mais sobre o curso de história porque poderá observar ao fim dos episódios que certas coisas foram acrescentadas ligeiramente scénaristes, como por exemplo o fato de certas pessoas praticarem o human beat box. Ou então quando um grupo de jovens faz tags sobre murados dos castelos
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