O mangá tem início anos após os eventos vistos na série original Ultraman. Após inúmeras batalhas para defender a Terra, o herói nunca mais foi visto. Muitos acreditavam que ele tinha voltado para seu planeta natal e com o tempo se tornou uma lenda.

A Patrulha Científica (Science Special Search Party) ainda é a força de defesa da Terra da qual Shinjiro Hayata, filho de Shin Hayata – o Ultraman original –, faz parte. Desde criança Shinjiro mostrou não ser comum. Dotado de poderes especiais, ele nunca soube que seu pai um dia foi o hospedeiro humano do Ultraman. O próprio Hayata, hoje Ministro da Defesa, não se lembrava mais de quando compartilhava seu corpo com o herói espacial. Mas a situação não tarda a mudar. Quando uma nova invasão alienígena tem início, a vida do jovem patrulheiro irá mudar drasticamente.

Apesar de atualizar todo o universo da Família Ultra para o nosso presente, os fãs mais antigos irão vibrar com as participações de velhos conhecidos. Desde outros membros da Patrulha Científica e antigos inimigos – como os monstros Bemular e Red King e dos aliens Zetton – até a presença de novas versões dos demais Guerreiros Ultras, entre eles Seven e Jack.