Ninja … Ninja foram impiedosos … semi-deuses, governando o Japão com seu karate na era de tranqüilidade ninja. Mas, “alguns” cometeu uma forma proibida de hara-kiri armazenar suas almas na Kinkaku Temple para a futura ressurreição. Sua história perdida foi falsificada e escondeu a verdade sobre estes ninja foi esquecido há muito tempo. Agora, no futuro, onde a universalização da tecnologia cibernética e de redes electrónicas Deus, de repente, as almas ninja sinistras, ressuscitado de milhares de anos passados ??são lançados no sombras escuras do Neo-Saitama. Fujikido Kenji, é um assalariado cuja esposa e filho foram mortos em uma guerra ninja relvado. Em um encontro com a sua própria morte, Fujikido é possuída por uma alma ninja enigmático. Fujikido engana a morte e se torna Ninja Assassino. . A Grim Reaper destinado a matar ninja mal, empenhada em uma guerra pessoal de vingança definido no submundo distópica do Neo-Saitama, Ninja Assassino assume ninjas Soukai Syndicate em combate mortal.