A história gira em torno de Mahiro Fuwa , um adolescente cuja irmã foi misteriosamente assassinado um ano antes , e seu amigo Yoshino Takigawa . Mahiro é contactado por Hakaze Kusaribe , o líder do clã Kusaribe que ficou preso em uma ilha deserta desconhecido por seus seguidores , e concorda em ajudar Hakaze em troca de sua ajuda para descobrir o culpado pela morte de sua família. Ao saber das intenções do amigo, Yoshino se junta a ele em sua busca para ficar contra o clã Kusaribe que tem a intenção de despertar a " Árvore da    Exodus" cujo poder pode trazer a ruína para o mundo inteiro.

Vários diálogos e elementos do enredo em Zetsuen no Tempest prestar homenagem a duas obras de William Shakespeare , Hamlet e The Tempest , que são duas histórias sobre retribuição , embora com resultados completa- mente opostos . Durante o confronto entre Samon e Mahiro em meio ao renascimento da Árvore da Exodus,      Yoshino lembrou um flashback em que sua namorada citado de Hamlet. Ele respondeu que era muito azarado de  citar , e ela respondeu que a situação entre ele e Mahiro foi semelhante ao The Tempest. Essa percepção lhepermitiu desafiar Samon e virar a maré a seu favor.