Negi Springfield é um mago de 10 anos de idade, que sonha em se tornar um Magister Magi (magos poderosos que usam seus poderes para ajudar aos outros, geralmente trabalhando secretamente em entidades não governamentais). Ele cola grau na Escola de Magia do País de Gales, sua terra natal, e antes de se tornar efetivamente um Magister Magi deve completar seu treinamento como mago, lecionando inglês num colégio feminino no Japão.
A série detalha suas aventuras como professor, enquanto ele ganha o respeito e a amizade de suas alunas, ajudando-as em seus problemas, e enfrentando perigos e inimigos mágicos, de dentro e fora da Academia Mahora. Sua principal companheira é Asuna Kagurazaka, aluna e companheira de quarto, que o menospreza de início, mas acaba por aceitá-lo como amigo e se torna sua guardiã, ajudando-o em sua tarefa e em seu treinamento.