Card Captor Sakura conta a história de Sakura Kinomoto, uma menina comum que cursa o quarto ano e treina para ser líder de torcida em sua escola. Um dia, ela encontra um misterioso livro no escritório de seu pai. Ao abri-lo, Sakura libera as Cartas Clow – 19 cartas criadas pelo mago Clow Lead, que atribuiu poder a elas misturando magia inglesa e chinesa.

O Guardião do Lacre do Livro, Kero, também desperta e avisa à menina que as cartas deveriam ser capturadas, senão uma grande desgraça poderia acontecer.

Então, Sakura se torna uma Card Captor com a difícil missão de capturar todas as cartas que escaparam!