No futuro, um evento devastador conhecido como Segundo Impacto destruiu Tóquio como a conhecemos, dando origem a Tokyo III, uma cidade sitiada por formas de vida misteriosa conhecida apenas como Anjos. Única defesa da humanidade são EVA (Evangelions, no original), máquinas artificiais pilotados por Rei, Shinji e Asuka. O destino do Japão e do mundo inteiro encontram-se agora com estas crianças, embora eles não possam ter o poder de salvar a coisa mais importante de todos: um ao outro.